در اسپانیا چندین دانشگاه وجود دارد که مدرک لیسانس مهندسی پزشکی یا رشته های مرتبط ارائه می دهند. برخی از دانشگاه های برتر برای تحصیل مهندسی پزشکی در اسپانیا:

• دانشگاه بارسلونا: تحصیل مهندسی پزشکی در اسپانیا در دانشگاه بارسلونا دوره ای 4 ساله است که در دانشکده پزشکی و علوم بهداشت این دانشگاه ارائه می شود.
• دانشگاه پمپئو فابرا: تحصیل مهندسی پزشکی در اسپانیا در دانشگاه پمپئو فابرا نیز در یک دوره 4 ساله برگزار می شود و دانشجویان در دانشکده پزشکی و علوم طبیعی این دانشگاه تحصیل خواهند کرد.
• دانشگاه کارلوس سوم مادرید: مدرک کارشناسی پزشکی مهندسی در دانشگاه کارلوس سوم مادرید با هدف آموزش متخصصان در زمینه های مختلف از جمله توسعه و طراحی فناوری های جدید و ابزار دقیق پزشکی و تصویربرداری از جمله مهندسی بافت و پزشکی احیا کننده است. این برنامه آموزشی در مدت 4 سال انجام می شود و متقاضیان برای اقدام به نمره 5/5 آیلتس احتیاج دارند.
• دانشگاه گرانادا: مقطع کارشناسی مهندسی پزشکی در دانشگاه گرانادا اسپانیا در طول مدت 3 سال و به زبان اسپانیایی برگزار می شود.

• دانشگاه بارسلونا: تحصیل مهندسی پزشکی در مقطع کارشناسی ارشد در دانشگاه بارسلونا برای ارائه آموزش های تکمیلی در تعدادی از زمینه ها طراحی شده است:
• طراحی، ساخت، ارزیابی، بازاریابی، نصب و نگهداری در رابطه با خدمات و محصولات بهداشتی و بهره برداری از تجهیزات پزشکی.
• آماده سازی برای تحقیق در زمینه خاصی از مهندسی زیست پزشکی.
• دانشجویان برای تحصیل مهندسی پزشکی در اسپانیا در مقطع کارشناسی ارشد دانشگاه بارسلونا باید یکی از مدارک زیر را داشته باشند:
•  مدرک رسمی اسپانیایی
• مدرکی صادر شده توسط یک موسسه آموزش عالی در منطقه آموزش عالی اروپا که به دارنده آن اجازه می دهد تا در دوره های کارشناسی ارشد دانشگاه بارسلونا در اسپانیا تحصیل کند.
• مدرک تحصیلی خارج از منطقه آموزش عالی اروپا: در این مورد، مدرک باید با مدارک رسمی اسپانیایی معادلسازی شود. در صورت به رسمیت شناخته نشدن، دانشگاه بارسلونا باید تأیید کند که با سطح تحصیلات معادل مدارک رسمی اسپانیایی مطابقت دارد و به دارنده امکان تحصیل در دوره های کارشناسی ارشد دانشگاه را می دهد. در هر صورت پذیرش در این حالت به این معنی نیست که مدارک قبلی معادل مدرک کارشناسی ارشد اسپانیایی شناخته شده است و بنابراین برای اهدافی غیر از پذیرش در دوره کارشناسی ارشد دانشگاه بارسلونا به رسمیت شناخته نمی شود.
• دانشگاه والنسیا: تحصیل در مقطع کارشناسی ارشد رشته مهندسی پزشکی در دانشگاه والنسیا در طول مدت یک سال و به زبان انگلیسی و اسپانیایی برگزار می شود.

یکی از مؤسسات پیشرو برای تحقیقات زیست پزشکی در اسپانیا، مؤسسه تحقیقات در زیست پزشکی IRB  Barcelona است که بخشی از Universitat Autònoma de Barcelona (UAB)  یا دانشگاه مستقل بارسلونا است که یک برنامه دکترا در مهندسی پزشکی ارائه می دهد و هدف آن آموزش نسل بعدی دانشمندانی است که تحقیقات عالی را برای درمان سرطان و سایر بیماری های مرتبط با پیری انجام می دهند. این برنامه دارای 28 گروه تحقیقاتی است که روی موضوعاتی مانند زیست شناسی سلولی و تکاملی، پزشکی مولکولی، زیست شناسی ساختاری و محاسباتی و زیست شناسی شیمیایی کار می کنند.

 برای درخواست برای برنامه دکترا در علوم زیست پزشکی در اسپانیا، به مدرک کارشناسی ارشد یا معادل آن در یک رشته مرتبط و همچنین تسلط عالی به زبان انگلیسی لازم است. همچنین دانشجو باید یک سوپروایزر مناسب پیدا کند که بتواند پروژه تحقیقاتی را راهنمایی کرده و بودجه لازم را برای پژوهش فراهم کند. همچنین باید یک پروپوزال تحقیق، یک CV، ریزنمرات تحصیلی و توصیه نامه ارسال شود. فرآیند پذیرش و مهلت‌های زمانی ممکن است بسته به برنامه و موسسه متفاوت باشد.